日本註冊成立的公司，可以是外國公司的日本子公司。
日本公司的全球收入，須繳納日本公司稅。
外國公司是在日本沒有總公司的公司，基於徵稅目的，可分為以下四種類型:
通過分支機構或在日本境內的任何固定營業地點（常設機構）開展業務的外國公司，必須對所有國內來源收入徵稅，並且必須提交納稅申報表。 外國公司不是通過常設機構而是通過在日本進行超過一年的建築，安裝或裝配活動或監督，在日本進行超過一年的此類活動或在日本進行慣常活動的代理商來開展業務，該機構有權與外國公司或代表外國公司簽訂的合同，應就其在日本的業務收入和某些其他國內來源的收入繳稅，並且必須提交納稅申報表。 外國公司沒有常設機構且未進行上述業務，但具有一定的國內來源收入，例如在日本提供個人服務的收入，在日本出租房地產等財產的收入，出售在日本房地產的收入，出售日本公司的股票等所得的收入，應對該收入徵稅，並且必須提交納稅申報表。 對於上述以外的外國公司，某些收入（如股息和特許權使用費）應繳納日本預扣所得稅。
外國公司的國內收入僅應繳納日本公司稅。外國公司不允許外國稅收抵免，除非另有稅收協定的安排，實際稅收視情況而定。
在日本從事廣告、信息提供、市場調查和其他輔助活動的外國公司的代表辦事處，無需繳納日本公司稅。
對在日本設有常設機構，並在日本連續進行業務活動的日本公司和外國公司徵收的稅款包括；公司稅（國稅）、公司居民稅及公司法人稅（地方稅）。
對每營業年度的公司淨收入徵稅。淨收入是總收入超過總費用的差額，總費用是根據日本公認的會計準則計算所得。某些支出項目可能無法減免及抵扣稅項（折舊成本、某些津貼和準備金的準備金等），而某些費用受到限制（娛樂支出、捐贈支出、某些稅項等）。
普通商品銷售收入 分期付款銷售 長期合同收 股息收入（取決於股權要求）
銷售成本、貨品成本、銷售費用、一般管理費用以及其他費用和損失可以從營業年度的總收入中扣除。
已付稅款 - 財產稅或交易稅等稅款可抵扣。其他稅項，例如公司稅，居民稅，犯罪稅或罰款等，不可抵扣。 支付給公司員工的薪水，工資和獎金為可抵扣費用。 娛樂費用通常不可扣除。但是，允許小企業在一定數額內扣除娛樂費用。與資本不超過1億日元的公司一樣，可抵扣金額為娛樂費用的90％（每年最多360萬日元）。 捐贈費用 - 對國家和地方政府的捐贈以及用於公共目的的其他設計捐贈可完全扣除。其他捐款可抵扣，最高為應稅收入的1.25％與資本及資本盈餘的0.125％之和。 根據法律程序或在債權人會議上同意下，作為重建計劃或組成部分沖銷的應收賬款壞賬損失和可完全收回的應收賬款可以抵扣。 折舊 - 公司稅法允許扣除合理的折舊。公司可以選擇有形資產的減額結餘法，以及建築物和無形資產的直線法。單位購買成本低於¥200,000的折舊資產可在每個業務年度中於三年內等額抵扣。單位購買成本低於¥100,000的次要資產可在購買業務年度中立即扣除為費用。
普通外國稅收抵免可適用於對日本國內公司徵收的外國稅收。 對日本國內公司的外國子公司徵收的外國稅款的間接外國稅收抵免，可以抵減對日本母公司的日本公司稅款。
必須向對公司需要納稅的地方具有管轄權的稅務局提交納稅申報表，繳納稅款並提供應稅收入計算的詳細信息。國內公司（外國公司的子公司）的納稅地點是其總部所在地。對於外國公司（外國公司的分支機構），納稅地點是該公司的主要常設機構。