非永久居民 是在日本擁有住所或在日本居住一年以上的個人。沒有日本國籍且無意永久居住在日本，但在10年內，在日本居留或居住的時間少於5年的居民為非常住居民。永久居民 是居民，但不包括非常住居民。除居民以外的個人是 非居民。
個人應納稅所得額範圍如下：
永久居民 - 全球收入，包括日本和國外的總收入。非永久居民 - 已支付或匯往日本的日本來源收入和國外來源收入。非居民 - 日本來源收入。
包括非常住居民在內的居民納稅人，應提交納稅申報表繳納評估所得稅。對某些類型的收入徵收的預提稅所得稅可抵扣評估所得稅。非居民的稅項負債通常以預扣所得稅繳納，房地產收益或土地轉讓產生的資本收益等除外。
營業收入是指從批發、零售、製造活動等所得的收入。除少數例外，公認的會計原則適用於營業收入的計算。以下說明指出了一些適用於個人的規則，其中一些規則不同於適用於公司的規則：
支付給納稅人家庭成員的款項只能在一定的範圍內扣除，而不論其性質是工資、租金、利息等。 開展業務的娛樂費用以及與業務直接相關的娛樂費用可抵扣，且不受公司稅的限制。 如果納稅人是藍色退稅納稅人，並且按照有序記賬原則保留會計帳簿，則可以對藍色退稅特別扣除額進行一定金額的扣除。
來自房地產（土地、建築物）租金的房地產收入。納稅人可以從房地產收入中扣除折舊費、利息費用和固定資產稅等。
就業收入是扣除某些就業收入後的總工資加獎金。僱主必須在支付薪金時從薪金和獎金中預扣一定的稅款，並在下個月的10日前將預扣稅匯給稅務局。僱主必須對年薪不超過2,000萬日元的員工進行年終調整。
利息收入、股息收入、退休收入、出售股份 / 出售土地和建築物的資本收益等。
可以（按一定順序）從普通收入中扣除：醫療費 保險費 某些捐贈 受撫養配偶 受撫養家屬 基本扣除
居民納稅人必須為下一年的2月16日至次年3月15日之間的日曆年度的收入提交最終納稅申報表，除非該收入低於總扣除額，或者除非該居民僅擁有2000萬日元的就業收入或更少，應繳納預扣稅。如果要求納稅人提交最終納稅申報表，則應在納稅年度的次年的3月15日或之前，支付年度應納稅額超出預繳的評估所得稅和預扣所得稅總額。如果納稅人不再是日本居民，則從原則上講，納稅人必須向稅務局提交最終納稅申報表並繳納所得稅。
個人居民稅包括每年的1月1日起向在日本有住所的居民徵收的縣居民稅和市政居民稅。與所得稅不同，居民稅是對前一年的收入徵收的。除非當地稅法另有特別規定，應稅收入是根據所得稅法中的規則計算的。如果已提交所得稅申報表，原則上無需提交居民納稅申報表。納稅人從當地稅務局收到居民稅單。
非居民或外國公司應從日本支付的各種收入中繳納20％的預提稅。但是，如果稅收條約規定了收入的定義，降低的稅率或不徵稅，則稅收條約優先於國內法。